特別展示館特別展は、特定のテーマや内容で研究の成果を総合的および体系的に紹介するストーリー性をもった展示で、期限を限って開催されます。
 2011年10月6日〜12月6日
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 2011年3月10日〜6月14日
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 2010年9月16日〜12月7日
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 2009年9月10日〜12月8日
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 2009年3月12日〜6月14日
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 2008年9月11日〜11月25日
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 2008年3月13日〜6月3日
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 2007年9月13日〜12月11日
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 2007年3月15日〜6月5日
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 2006年9月7日〜12月5日
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 2006年3月16日〜5月30日
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 2005年9月8日〜12月6日
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 「きのうよりワクワクしてきた。」ブリコラージュ・アート・ナウ 日常の冒険者たち 2005年3月17日〜6月7日
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 「アラビアンナイト大博覧会」 2004年9月9日〜12月7日
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 2004年3月25日〜6月15日
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 2004年1月8日〜2月15日
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 2003年3月13日〜6月17日
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 2002年10月3日〜2003年1月14日
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 2002年3月21日〜7月16日
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 2001年9月20日〜2002年1月15日
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 2001年3月15日〜6月5日
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 2000年7月20日〜11月21日
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 2000年3月18日〜5月14日
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 1999年9月9日〜2000年1月11日
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 1999年3月11日〜5月31日
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 「大モンゴル展 ─ 草原の遊牧文明」
1998年7月30日〜11月24日
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 「なかはどうなってるの？ ─ 民族資料をＸ線でみたら」※ 実行委員会運営サイト 1998年3月12日〜5月26日
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 「異文化へのまなざし ─ 大英博物館コレクションにさぐる」
1997年9月25日〜1998年1月27日
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 「シーボルト父子のみた日本」
1996年8月1日〜11月19日
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 「現代マヤ ─ 色と織に魅せられた人々」
1995年9月14日〜11月30日
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 「ラテンアメリカの音楽と楽器」※
1995年3月16日〜5月30日
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 「絨毯―シルクロードの華」
1994年9月8日〜11月29日
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 「台湾先住民の文化 伝統と再生」※
1994年3月10日〜5月24日
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 「ジャワ更紗 ─ その多様な伝統の世界」
1993年9月9日〜11月30日
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 「アイヌモシリ ─ 民族文様から見たアイヌの世界」
1993年6月10日〜8月17日
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 「民族学の先覚者 鳥居龍藏の見たアジア」※
1993年3月11日〜5月14日
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 「オーストラリア・アボリジニ展 ─ 狩人と精霊の５万年」
1992年9月10日〜12月8日
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 「文明の十字路・ダゲスタン ─ コーカサスの民族美術」※
1992年3月12日〜5月19日
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 「大インド展 ─ ヒンドゥー世界の神と人」
1991年8月1日〜11月5日
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 「ケンペル展 ─ ドイツ人の見た元禄時代」※
1991年2月7日〜4月16日
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 「海を渡った明治の民具 モース・コレクション展」
1990年9月13日〜12月4日
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 「赤道アフリカの仮面 ─ 秘められた森の精霊たち」※
1990年3月15日〜5月31日
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 「大アンデス文明展 ─ よみがえる太陽の帝国インカ」
1989年9月14日〜12月12日
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※印は、平成13年度以前は企画展に区分されていましたが、現在はすべて特別展に統一されています。